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织田克利 研究室 ​

基本信息 ​

项目内容
教授织田克利（Katsutoshi Oda / おだ かつとし）
大学东京大学 大学院医学系研究科 统合基因组学分野（統合ゲノム学） / 次世代精准医疗开发讲座（次世代プレシジョンメディシン開発講座）
兼任东京大学医学部附属医院 基因组诊疗部（ゲノム診療部） 教授；官方教员归属为医学系研究科 生体物理医学专攻 医用生体工学讲座
专攻妇科肿瘤基因组 × 综合基因组profiling（CGP）× 真实世界数据分析（C-CAT）× 细胞周期靶向治疗 × 可解释AI
学位/背景医学博士（东京大学）；产科妇科学 + 基因组学
研究室主页统合基因组学 / 次世代精准医疗开发讲座
招生页面大学院生募集 / 研究室见学
研究实绩Research Achievements（2023~）
校区本郷校区（东大医院内，文京区本郷7-3-1）

⚠️ 姓名读音提示：这里的"织田"是 Oda Katsutoshi（教授本人），与你之前研究的 小川诚司（Seishi Ogawa，京都大学） 是完全不同的人；同时研究室里的 特任助教「小川弥穂（Ogawa Miho）」 汉字里也有"川/穂"，论文里署名 "Ogawa M"，也不要与京大小川混淆。这是研究日本学者时容易踩的同/近音坑，投递前务必核对清楚。

研究方向概述 ​

织田研究室的核心使命是：推动癌症基因面板检查（CGP）向更深层的临床应用转化——把妇科等临床一线产生的"为什么（clinical question）"，用基因组解析和实验去验证，再反哺到临床诊疗中。 研究室最鲜明的特色是"基础研究—转化研究—临床研究无缝衔接"，并且拥有其他实验室很难拥有的两样东西：自主开发的测序面板（Todai OncoPanel / GenMineTOP） 和 日本全国癌症基因组真实世界数据库（C-CAT）的访问与分析能力。

两个组织单元需要区分：

  • 统合基因组学分野：2020年1月设立于医学系研究科，是学术研究主体。
  • 次世代精准医疗开发讲座：2021年4月开设，由柯尼卡美能达（Konica Minolta）出资的社会合作讲座，目标是把东大肿瘤面板（Todai OncoPanel, TOP）推向更广的临床应用。

研究室有四大研究方向：

  • 方向一：癌症综合基因组profiling（CGP）与真实世界数据分析（核心方向，与你最契合）

    • 参与开发了日本首个 DNA-RNA双面板检查 GenMineTOP（2023年8月保险收载）：DNA面板737基因、RNA面板455基因，可同时检测体细胞突变、拷贝数异常、融合基因、外显子跳跃（exon skipping）、RNA表达
    • 大量利用 C-CAT（癌症基因组情报管理中心）全国数据库做真实世界研究：DNA-RNA双面板的临床有用性、胰腺癌HRD与铂类疗效、非小细胞肺癌CGP有用性、妇科癌基因组图谱、甲状腺未分化癌驱动基因图谱、MTAP缺失的泛癌图谱等
    • RNA面板的独特价值：在1,356例中检出105个融合基因、13个外显子跳跃，NTRK融合检出率（0.8%）显著高于传统DNA面板（模拟中位0.44%）
    • 这是一条几乎"纯生信/数据"的研究线：队列分析、生存分析、拷贝数-表达相关性、突变频谱、模拟推断等，正好落在你 R + 生信的强项上

  • 方向二：妇科肿瘤的分子机制与新型分子靶向治疗

    • 旗舰成果（获奖）：发现 Cyclin E1 高表达 使卵巢癌细胞对 WEE1抑制剂（adavosertib）和PLK1抑制剂（volasertib） 高度敏感——为"治疗抵抗性"的 BRCA野生型/HR-proficient高级别浆液性癌 提供了新治疗标的（Oncogene 2025，入选 "Readers Choice: The best of Oncogene 2025"；后续 Cell Death Dis 2025 进一步验证）
    • 卵巢透明细胞癌的基因组/表观基因组整合分型，揭示细胞起源（Sci Rep 2024）
    • 卵巢癌 BRCA1启动子甲基化 / HRD 与PARP抑制剂、免疫检查点抑制剂应答的机制与预测（多篇）

  • 方向三：遗传性肿瘤与生殖细胞系病理性变异（GPV）检测

    • 利用 GenMineTOP的"肿瘤/正常配对（matched-pair）解析" 直接区分体细胞变异与生殖细胞系变异，解决"肿瘤单独检测无法判断遗传性肿瘤"的痛点
    • 全国数据显示1,356例中5.4%检出GPV，且38.2%出现在"该基因与癌种尚无已知关联"的 Off-tumor 情境（J Hum Genet 2025）
    • 意义：一次CGP检查即可让本人和血缘亲属获得遗传性肿瘤的预防/早筛机会

  • 方向四：液体活检、可解释AI与下一代精准诊断技术

    • 液体活检：用 digital PCR 对宫颈癌 循环肿瘤HPV DNA（ct-HPV-DNA） 做分型定量（J Gynecol Oncol 2026）；血液癌基因面板检查成功率预测模型
    • 可解释AI（XAI）：结合知识图谱预测基因变异/融合基因的致病性（Cancers 2023、2024）
    • 多组学与空间技术：多组学、单细胞、空间转录组、数字病理/图像解析（与 biomy、エルピクセル 等企业合作）

为什么选择这个研究室 ​

  • 与你"肿瘤 + R/生信"画像高度契合（最重要）：在你已梳理的所有目标研究室中，织田室大概是数据/生信占比最高的一个。方向一几乎整条线都是真实世界数据库分析（C-CAT）、CGP大队列统计、生存分析、拷贝数-表达相关、HRD/甲基化signature、模拟推断——这些正是 R/生信的主战场。你不需要"从零学湿实验"就能立刻产出。
  • 稀缺的数据资源：C-CAT是日本全国癌症基因组的真实世界数据库，能系统访问并发表的实验室极少；再加上研究室自主开发的 Todai OncoPanel 和保险收载的 GenMineTOP，等于同时掌握了"数据"和"产生数据的工具"。
  • 完整的转化链条：临床问题（妇科一线）→ 基因组/实验验证 → 临床应用，Cyclin E1→WEE1/PLK1 就是"数据发现靶点→细胞/小鼠验证→迈向临床"的范例，适合想同时接触数据分析与转化医学的人。
  • 明确在招、且对外部/跨癌种开放：招生页面写明"大学院生募集中"，随时接受研究室见学（lab visit）；虽以妇科癌为中心，但明确表示"可做跨癌种解析，欢迎对其他癌种感兴趣的人"——对非妇科背景的申请者是关键的开放信号。
  • 发表稳定且有高光：Cancer Science、Oncogene、Cell Death & Disease、ESMO Open、Br J Cancer、J Hum Genet 等持续产出，旗舰论文入选 Oncogene 年度精选。
  • 与你已有知识线的衔接：
    • DNA修复/HRD/BRCA/PARP 是贯穿多个方向的主线，可与你在其他室积累的DNA损伤修复知识对接；
    • 细胞周期检查点（WEE1/PLK1、Cyclin E1）靶向 与你关注的"从机制发现到治疗靶点"框架一致；
    • 基因组数据分析 直接呼应你一直在强化的生信主线。

论文列表 ​

核心论文（必读） ​

  1. Watanabe K, Ogawa M, Shinozaki-Ushiku A, Tsutsumi S, Tatsuno K, Aburatani H, Kage H, Oda K. "Real-World Data Analysis of Genomic Alterations Detected by a Dual DNA-RNA Comprehensive Genomic Profiling Test." Cancer Sci (2025) 116(7):1984-1995. — 与你最契合的入门必读：GenMineTOP在C-CAT真实世界数据中的表现，纯数据分析（成功率、融合/外显子跳跃检出、拷贝数-表达相关、NTRK模拟）。doi:10.1111/cas.70071

  2. Xi Q, Kunita A, Ogawa M, Ka M, Tanimoto S, ... Katayama K, Oda K. "Cyclin E1 overexpression sensitizes ovarian cancer cells to WEE1 and PLK1 inhibition." Oncogene (2025) 44(19):1375-1386. — 研究室旗舰/获奖论文（Best of Oncogene 2025）：Cyclin E1高表达 → WEE1/PLK1抑制剂敏感性，为BRCA野生型/HR-proficient卵巢癌提供新靶点。doi:10.1038/s41388-025-03312-4

  3. Habano E, Ogawa M, Watanabe K, ... Aburatani H, Kage H, Oda K. "Germline pathogenic variants detected by GenMineTOP: insight from a nationwide tumor/normal paired comprehensive genomic profiling test, in Japan." J Hum Genet (2025) 71(1):1-11. — 全国肿瘤/正常配对CGP数据分析GPV特征（5.4%检出、Off-tumor现象），典型的大数据分析论文。doi:10.1038/s10038-025-01389-z

  4. Nishijima A, Oda K, Hasegawa K, ... Ushiku T, Osuga Y, Aburatani H. "Integrated genomic/epigenomic analysis stratifies subtypes of clear cell ovarian carcinoma, highlighting their cellular origin." Sci Rep (2024) 14(1):18797. — 基因组+表观基因组整合的多组学分型，展示研究室的多组学数据分析能力。doi:10.1038/s41598-024-69796-4

  5. Ikushima H, Watanabe K, Shinozaki-Ushiku A, Oda K, Kage H. "Pan-cancer clinical and molecular landscape of MTAP deletion in nationwide and international comprehensive genomic data." ESMO Open (2025) 10(4):104535. — 泛癌 MTAP缺失 / PRMT5合成致死 图谱 + 可解释AI，数据+靶点思路兼具。doi:10.1016/j.esmoop.2025.104535

扩展阅读 ​

  1. Xi Q, Kage H, Ogawa M, Matsunaga A, Nishijima A, Sone K, Kawana K, Oda K. "Genomic Landscape of Endometrial, Ovarian, and Cervical Cancers in Japan from the C-CAT Database." Cancers (Basel) (2024) 16(1):136. — 日本妇科三癌（子宫体癌/卵巢癌/宫颈癌）基因组图谱，TMB/MSI等，纯队列数据分析。doi:10.3390/cancers16010136

  2. Tsuchimochi S, Yamamoto Y, Taguchi A, ... Oda K, Hirota Y, Osuga Y. "BRCA1 Promoter Methylation in Ovarian Cancer: Clinical Relevance and a Novel Diagnostic Approach Using Fragment Analysis." Cancer Sci (2025) 116(7):1996-2007. — BRCA1启动子甲基化与HRD、诊断新方法。doi:10.1111/cas.70078

  3. Matsunaga A, Ogawa M, Kunita A, ... Kawana K, Oda K. "Type-specific detection and quantification of circulating tumor HPV DNA by digital PCR in surgically resected cervical cancer." J Gynecol Oncol (2026) 37(5):e99. — 液体活检方向：ct-HPV-DNA的digital PCR分型定量。doi:10.3802/jgo.2026.37.e99

  4. Murakami K, Tago S, ... Fuji M. "Pathogenicity Prediction of Gene Fusion in Structural Variations: A Knowledge Graph-Infused Explainable AI (XAI) Framework." Cancers (2024) 16(10):1915. — 可解释AI + 知识图谱预测融合基因致病性，代表研究室AI辅助解读方向。doi:10.3390/cancers16101915

  5. Kage H, Shinozaki-Ushiku A, ... Miyagawa K, Oda K. "Clinical utility of Todai OncoPanel in the setting of approved comprehensive cancer genomic profiling tests in Japan." Cancer Sci (2023) 114(4):1710-1717. — 了解研究室自主面板 Todai OncoPanel 的临床性能与定位（读懂研究室"工具"的背景）。doi:10.1111/cas.15717

备注 ​

需要储备的基础知识 ​

  • 综合基因组profiling（CGP）与癌症基因面板：panel测序原理，DNA面板 vs. RNA面板的差异，体细胞变异/拷贝数/融合/外显子跳跃/TMB/MSI等概念——这是进入研究室的第一层语言
  • C-CAT数据库与日本癌症基因组医疗体系：了解 C-CAT（がんゲノム情報管理センター）、专家会议（Expert Panel）、保险收载CGP的流程，这是真实世界数据研究的制度背景
  • HRD / 同源重组修复 / BRCA / PARP抑制剂：贯穿卵巢癌等多方向的主线，务必掌握 HR-proficient vs. deficient、合成致死概念
  • 细胞周期检查点：Cyclin E1–CDK2、WEE1、PLK1、G2/M检查点，复制压力（replication stress）——旗舰论文的核心
  • 生殖细胞系 vs. 体细胞变异：遗传性肿瘤综合征、tumor/normal配对解析的意义
  • 妇科肿瘤基础：卵巢癌（高级别浆液性/透明细胞）、子宫体癌、宫颈癌（HPV相关）的临床与分子分型——虽非你主攻，但因研究室以此为中心，建议了解框架

需要了解的技术方法 ​

  • 生物信息学 / 数据分析（你的强项，重点突出）：真实世界队列分析、生存分析、拷贝数-表达相关分析、突变频谱、HRD/甲基化signature、蒙特卡洛/bootstrap模拟推断——这些用 R 完全可以承接
  • 次世代测序（NGS）、全基因组/全外显子/panel测序数据处理
  • 多组学整合分析、单细胞解析、空间转录组解析
  • 表观基因组分析（DNA甲基化）
  • digital PCR、FISH（液体活检/结构异常检测）
  • 类器官（organoid）、细胞株、PDX、小鼠模型（湿实验一侧）
  • 数字病理 / 图像解析、可解释AI（XAI）与知识图谱
  • 建议：申请时可主动展示你能用 R 复现某篇C-CAT论文的分析框架（如队列描述统计、生存曲线、突变频率比较），这是最有说服力的"能力证据"

联系教授的注意事项 ​

  • 在招状态明确：招生页面明确"募集中"，并随时接受见学（lab visit）——可先通过官网表单申请见学（需填所属、姓名、邮箱、希望曜日/时间段、动机与希望的研究主题）
  • 入学路径：走东京大学医学系研究科（"大学院进学希望の方へ"页面查看募集要项）；也接收攻读研究生的认定遗传咨询师
  • 关于"以妇科医为主"的措辞：招生页写"とくに婦人科医"（尤其是妇科医），但同时强调"可跨癌种解析、欢迎对其他癌种感兴趣者"。作为非妇科背景的临床医学生，建议在联系时把落脚点放在"CGP真实世界数据分析 / 生信"，明确表达愿意做跨癌种的数据研究，弱化"必须是妇科医"的门槛
  • 核心团队（便于联系时称呼与定位）：
    • 织田克利（Oda Katsutoshi）教授 — 产妇科学、基因组学，研究室负责人
    • 渡邊広祐（Watanabe，特任准教授）— 呼吸内科、临床检查医学、癌症基因组医疗；论文里高频署名"Watanabe K"，是CGP/真实世界数据方向的核心
    • 国田朱子（Kunita Akiko，特任讲师）— 分子生物学、分子肿瘤学
    • 小川弥穂（Ogawa Miho，特任助教）— 血液肿瘤、液体活检
  • 可切入的话题：Cyclin E1→WEE1/PLK1（旗舰论文）、C-CAT真实世界数据分析、GenMineTOP的DNA-RNA双面板、MTAP缺失泛癌图谱——这些都是能让教授看出你"读过、且能上手数据"的话题
  • 合作网络（体现研究室资源）：院内（病理部、生物资源中心、呼吸内科、临床肿瘤科等）、院外（埼玉医大国际医疗中心、国立癌症研究中心、癌研会等）、企业（GenMine Labs、テンクー、biomy、エルピクセル等）

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